Tuy nhiên, những hạn chế về biên giới ở cấp độ trong nước và quốc tế là một thách thức trong việc khai thác tối đa các lợi ích của hội nhập này. Các cơ quan vận tải toàn cầu như IATA, ICS, IRU và ITF đã kêu gọi các chính phủ không áp dụng cách tiếp cận ‘vội vàng’ và ‘phân mảnh’ đối với các quy tắc đi lại. Theo Phòng Vận chuyển Quốc tế, các cơ quan này cùng nhau đại diện cho 20 nghìn tỷ USD thương mại toàn cầu mỗi năm và 65 triệu công nhân vận tải toàn cầu trên các mạng lưới chuỗi cung ứng.
Sự bùng phát của biến thể Omicron đã gây ra sự gián đoạn chuỗi cung ứng khiến các công nhân trong chuỗi cung ứng, từ thuyền viên đến tài xế xe tải đều phải dừng lại vì sợ nhiễm virus và bị kiểm dịch. Đông Nam Á có lợi thế so sánh về lao động do Việt Nam, Thái Lan và Philippines cung cấp nguồn lao động lớn với chi phí tương đối hợp lý. Tại châu Á, Việt Nam và Campuchia cung cấp một trong những chi phí hoạt động tối thiểu hàng tháng thấp nhất lần lượt là 79.289 USD và 65.313 USD so với 366.561 USD ở Singapore và 142.344 USD ở Thái Lan. Các hạn chế của Covid-19 đối với việc di chuyển lao động nhập cư tiếp tục đặt ra thách thức đối với tăng trưởng kinh tế của khu vực.
Dữ liệu của Bộ Thương mại và Công nghiệp Singapore cho thấy lĩnh vực xây dựng vẫn chưa hoàn thành sự phục hồi về mặt tuyệt đối vì giá trị gia tăng của nó vẫn thấp hơn 26% so với trước Covid, tức là vào quý 4 năm 2019, do tình trạng thiếu lao động phát sinh từ các hạn chế biên giới. Trong lĩnh vực dịch vụ, dịch vụ lưu trú và ăn uống cho thấy hoạt động yếu kém do hạn chế đi lại liên tục và các biện pháp ngăn chặn khó khăn trong nước như hạn chế tụ tập xã hội để ăn uống. Nhiều biện pháp an toàn hơn và các quy trình nâng cao sức khỏe cũng đã được áp dụng. Tại Malaysia, tỷ lệ tham gia lực lượng lao động vào khoảng 69% vào tháng 11/2021 là một sự cải thiện nhẹ so với cùng kỳ năm trước đó.
Singapore đã cấm nhập cảnh mới vào quốc gia để thi công, đóng tàu biển và quy trình (CMP) và những người có giấy phép lao động cũng như những người có thẻ đi làm ở ký túc xá thông qua Làn đường Đi lại Được tiêm chủng (VTL) từ ngày 4 tháng 12 năm 2021. Từ ngày 1 tháng 2 năm 2022, tiêm phòng đầy đủ sẽ là điều kiện để được tuyển việc làm dài hạn và định cư lâu dài. Thái Lan đã tạm ngừng nhập cảnh từ ngày 22/12/2021 cho đến khi có thông báo mới, trong khi chỉ được mở cho các khu vực hộp cát được chọn như Phuket, Surat Thani, Phang-Nga và Krabi với thời gian cách ly bảy ngày trong khu vực hộp cát. Kể từ cuối tháng 3/2020, Myanmar đã tạm dừng tất cả các chuyến bay quốc tế cho đến ngày 31/1. Bên cạnh đó, biên giới của nước này với Trung Quốc và Bangladesh bị đóng cửa đối với khách du lịch nước ngoài.
Các biện pháp cấm vận và các biện pháp tạo khoảng cách xã hội đã làm giảm mạnh vận tải nội địa và tính lưu động trong khu vực vào đầu năm 2020. Do đó, các biện pháp này làm phát sinh thêm chi phí và thời gian sản xuất. Ví dụ, chuỗi cung ứng thực phẩm đã bị suy yếu ở Indonesia, không đáp ứng được nhu cầu về thực phẩm ngày càng tăng. Trong khi đó, chính phủ Philippines tiếp tục cấm xuất khẩu gạo để đảm bảo an ninh lương thực trong thời gian đóng cửa ở Bukidnon. Để tạo ra doanh thu nhằm đáp ứng những thách thức, Covid-19 cũng đã áp thuế nhập khẩu 10% đối với dầu thô và các sản phẩm dầu tinh chế. Và, để giải quyết nguồn cung cấp y tế trong nước ngày càng tăng, Malaysia áp đặt lệnh cấm xuất khẩu tạm thời đối với khẩu trang và Campuchia cũng đưa ra lệnh cấm tạm thời tương tự đối với việc xuất khẩu bộ dụng cụ xét nghiệm Covid-19.
Năm ngoái, chuỗi cung ứng công nghiệp tại các khu vực công nghiệp của Việt Nam như Bắc Giang, TP. Hồ Chí Minh và Bình Dương đã phải đối mặt với áp lực rất lớn do các hạn chế của Covid-19 dẫn đến việc giao hàng iPhone 13 mới của Apple bị chậm trễ do thiếu hụt nguồn cung do lượng tồn kho mô-đun máy ảnh thấp. Các nhà cung cấp cho Apple, Netflix, Nike và Ikea đã phải tạm ngừng sản xuất vào giữa tháng 7 năm ngoái do các biện pháp ngăn chặn nghiêm ngặt. Chính sách 'zero-Covid' của Trung Quốc đã ảnh hưởng đến mạng lưới chuỗi cung ứng của nước này với Đông Nam Á. Một số cảng và đường vận chuyển của Trung Quốc đã bị đóng cửa để kiểm soát sự gia tăng của các trường hợp Covid-19. Trung Quốc lo lắng về việc Covid xâm nhập qua biên giới đất liền với Myanmar, Việt Nam và Lào. Việt Nam đã cảm thấy tác động đến thương mại nông sản của mình với Trung Quốc, đặc biệt là xuất khẩu trái cây tươi và rau quả do các biện pháp hạn chế của Việt Nam tại các cửa khẩu biên giới.
Vào tháng 12 năm ngoái, các xe container đã bị dừng hàng tuần ở biên giới, đặc biệt là Đông Hưng và Bình Hương ở tỉnh Quảng Tây (Trung Quốc) nối tỉnh Quảng Ninh (Việt Nam) và Hà Khẩu ở Vân Nam (Trung Quốc) nối Lào Cai (Việt Nam) kéo dài khả năng thông quan. Ngoài ra, các trạm kiểm soát bổ sung cũng được lắp đặt tại biên giới Quảng Tây để kiểm tra những người qua lại biên giới bất hợp pháp. Có thông tin cho rằng Trung Quốc đã cấm nhập khẩu thanh long từ Việt Nam qua đường Hữu nghị ở biên giới Bình Hương sau khi phát hiện vi rút coronavirus trên bao bì. Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam cho biết thương mại nông sản song phương đạt 11,3 tỷ USD trong 11 tháng đầu năm 2021.
Do đó, Bộ Công Thương Việt Nam kêu gọi Trung Quốc mở lại biên giới vì việc đóng cửa đã tác động tiêu cực đến thương mại song phương và gây ra 'tổn thất lớn' tới các doanh nghiệp và người dân của cả hai bên. Sau đó, thương mại biên giới với Myanmar tại Ruili ở Vân Nam bị đình chỉ cho đến khi có thông báo mới để hạn chế Covid-19. Myanmar cũng đã áp đặt các biện pháp kiểm soát biên giới Covid-19 rất nghiêm ngặt, chẳng hạn như hạn chế đi lại ở biên giới Muse, có thể sẽ được nới lỏng vào cuối tháng 1/2022.
Đông Nam Á đã học cách ‘sống chung với Covid-19’. Các chính phủ Đông Nam Á đã và đang ưu tiên ngăn chặn đại dịch, đồng thời tìm cách phục hồi nền kinh tế thông qua các chương trình phục hồi kinh tế để hỗ trợ dòng tiền vào các doanh nghiệp. Ví dụ, Malaysia đã triển khai các gói kích thích lên tới 25 tỷ RM hay 14,8% tổng sản phẩm quốc nội của Malaysia. Triển vọng Kinh tế 2022 đã chuẩn bị Kế hoạch Tổng thể Thương mại Phân phối 2021-2025 nhằm cải thiện chuỗi cung ứng trong nước. Mặt khác, Singapore có thể tăng ngân sách cho kinh doanh và hỗ trợ xã hội, đã có thể phát triển nhu cầu bền vững trên toàn cầu đối với chất bán dẫn và thiết bị bán dẫn trong quý 2 và 3 năm 2021. Đây là một ví dụ về khả năng phục hồi của các nền kinh tế Đông Nam Á trước các cú sốc.
Hội nghị Bộ trưởng Giao thông Vận tải lần thứ tư của UNESCAP, một hội nghị toàn cầu được tổ chức trực tuyến ở Bangkok từ ngày 14-17/12/2021, đã thiết lập một kế hoạch sáu điểm để giải quyết các vấn đề trong vận tải đường bộ trong khu vực và toàn cầu. Các quốc gia tham gia phải giải quyết các yếu tố do đại dịch gây ra như các hạn chế của Covid, tình trạng thiếu tài xế ngày càng gia tăng, giá nhiên liệu và thuế tăng cao cản trở hoạt động của chuỗi cung ứng. Hội nghị kêu gọi hợp tác liên khu vực trong các lĩnh vực phát triển cơ sở hạ tầng và tăng cường kết nối hoạt động dọc theo mạng lưới đường cao tốc châu Á, mạng lưới Đường sắt xuyên Á và mạng lưới các cảng cạn có tầm quan trọng quốc tế.