Ở Việt Nam, trong những năm qua, được sự quan tâm chỉ đạo, đầu tư của Chính phủ, Bộ Y tế, Chính quyền các cấp, các Tổ chức quốc tế và sự phối hợp của các Bộ, ngành, hoạt động phòng chống và loại trừ bệnh sốt rét ở nước ta được duy trì và triển khai có hiệu quả. Tỷ lệ mắc và tử vong do sốt rét liên tục giảm hàng năm. Năm 2019, số người có ký sinh trùng sốt rét giảm 50% so với năm 2015 (4.665/9.331), không có trường hợp tử vong do sốt rét, không có dịch sốt rét xảy ra. Có 25 tỉnh gồm Sơn La, Yên Bái, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bắc Ninh, Bắc Giang, Phú Thọ, Vĩnh Phúc, TP. Hà Nội, Hải Dương, Hưng Yên, TP. Hải Phòng, Thái Bình, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, TP. Đà Nẵng, Tiền Giang, Bến Tre, Đồng Tháp, An Giang, Vĩnh Long, Trà Vinh, TP. Cần Thơ, Hậu Giang không phát hiện trường hợp bệnh sốt rét lan truyền tại chỗ trong 5 năm liền và được ngành y tế địa phương duy trì hệ thống giám sát sốt rét tốt, đảm bảo yêu cầu chuyên môn về phát hiện và xử lý kịp thời các trường hợp bệnh sốt rét ngoại lai, đạt các tiêu chí loại trừ bệnh sốt rét. Theo lộ trình loại trừ bệnh sốt rét ở Việt Nam được Bộ Y tế phê duyệt và kế hoạch phòng chống và loại trừ bệnh sốt rét, dự kiến có thêm 10 tỉnh đạt các tiêu chí loại trừ bệnh sốt rét gồm Lào Cai, Cao Bằng, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Thanh Hóa, Hà Tĩnh, Long An, Bạc Liêu, Sóc Trăng, TP. Hồ Chí Minh vào cuối năm 2020.
Tuy nhiên, hoạt động phòng chống và loại trừ bệnh sốt rét còn nhiều khó khăn, thách thức. Bệnh sốt rét có nguy cơ bùng phát gia tăng số mắc, số chết, gây dịch do: Ký sinh trùng sốt rét còn cao ở các tỉnh Bình Phước, Gia Lai, Kon Tum, Đăk Lăk, Đăk Nông, Phú Yên, Lâm Đồng, Khánh Hòa, Bình Thuận; ký sinh trùng sốt rét kháng thuốc điều trị có nguy cơ lan rộng; muỗi truyền bệnh sốt rét lưu hành ở nhiều nơi và đã kháng một số hóa chất diệt muỗi làm giảm hiệu quả của các biện pháp phòng bệnh sốt rét; di biến động dân khó kiểm soát giữa các địa phương từ vùng không còn sốt rét vào vùng sốt rét lưu hành; giao lưu dân qua biên giới với các nước có sốt rét lưu hành cao và có ký sinh trùng sốt rét kháng thuốc như Lào, Campuchia và các nước Châu Phi; tập quán sử dụng các biện pháp bảo vệ cá nhân của người dân thấp nên có nguy cơ mắc bệnh sốt rét cao. Do đó, các hoạt động phòng chống và loại trừ bệnh sốt rét rất cần tiếp tục được quan tâm chỉ đạo, đầu tư của nhà nước và các cấp chính quyền trong những năm tới để duy trì ổn định những thành quả giảm mắc, giảm chết do bệnh sốt rét gây ra và đạt được các mục tiêu của Chiến lược Quốc gia phòng chống và loại trừ bệnh sốt rét ở Việt Nam.
Các địa phương có bệnh sốt rét lưu hành, đặc biệt là các vùng trọng điểm về sốt rét và sốt rét kháng thuốc, chính quyền các cấp và ngành y tế địa phương cần chủ động xây dựng kế hoạch và bố trí kinh phí hàng năm cho công tác phòng, chống và loại trừ bệnh sốt rét theo phân cấp, đáp ứng nhu cầu về nguồn lực cho công tác phòng chống và loại trừ sốt rét ở địa phương; tích cực phòng chống bệnh sốt rét, tuyên truyền người dân sử dụng các biện pháp bảo vệ cá nhân (ngủ màn tẩm hóa chất, dùng kem xua muỗi,...); giám sát, phát hiện và điều trị kịp thời bệnh nhân sốt rét, đặc biệt các vùng có sốt rét kháng thuốc cần sử dụng thuốc thay thế theo đúng hướng dẫn của Bộ Y tế; xử lý ổ bệnh nhằm ngăn chặn và cắt đứt nguồn lây nhiễm ra cộng đồng, duy trì ổn định những thành quả giảm mắc, giảm chết do bệnh sốt rét gây ra và thực hiện đạt tiêu chí loại trừ bệnh sốt rét theo lộ trình.
Đối với các tỉnh đã loại trừ bệnh sốt rét cần tiếp tục triển khai các hoạt động giám sát nhằm duy trì tình trạng không có sốt rét, tập trung vào việc giải quyết các vấn đề liên quan đến sốt rét ngoại lai và ngăn ngừa bệnh sốt rét quay trở lại, góp phần tích cực vào công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân.
