Theo kết luận của Kiểm toán khu vực XII, giai đoạn 2013-2015, về cơ bản Sở Y tế tỉnh Gia Lai đã tham mưu, chỉ đạo, điều hành, thực hiện công tác mua sắm, quản lý, sử dụng thuốc, vật tư y tế, trang thiết bị y tế và hoạt động đầu tư xây dựng theo đúng quy định của Nhà nước, cụ thể:
Công tác lập, thẩm định, phê duyệt kế hoạch đấu thầu, lựa chọn nhà thầu trong việc mua thuốc, vật tư y tế, trang thiết bị y tế của Sở Y tế và các bệnh viện tuyến tỉnh cơ bản đảm bảo quy định của Luật Đấu thầu, thông tư của liên Bộ Y tế - Tài chính hướng dẫn đấu thầu mua thuốc trong các cơ sở y tế và các văn bản hướng dẫn thi hành có liên quan.
Sở Y tế Gia Lai đã thực hiện đúng các quy định của Luật Xây dựng, Luật Đấu thầu, Nghị định của Chính phủ về quản lý chất lượng công trình xây dựng và các văn bản hướng dẫn thi hành hoạt động đầu tư xây dựng cơ bản.
Hầu hết các trang thiết bị y tế, các công trình xây dựng cơ bản đều được các đơn vị đưa vào sử dụng phục vụ công tác khám và chữa bệnh tương đối hiệu quả.
Tuy nhiên, bên cạnh những mặt đạt được, Sở Y tế Gia Lai cũng còn một số hạn chế, thiếu sót cần khắc phục, đó là:
Công tác đấu thầu thuốc quá chậm so với kế hoạch mua sắm thuốc trong năm, gây khó khăn cho việc mua thuốc phục vụ khám và điều trị bệnh, cụ thể, ngày 21/3/2013 mới có kết quả phê duyệt đấu thầu thuốc cho năm 2013...
Việc đầu tư trang thiết bị y tế cho Bệnh viện Lao và Bệnh viện Phổi tùy theo yêu cầu của ngành y tế, nhưng không phù hợp với nhu cầu khám và điều trị của bệnh viện dẫn đến tài sản không sử dụng hoặc sử dụng ít.
Quy trình quản lý, hiệu quả sử dụng một số trang thiết bị nhận từ Dự án Hỗ trợ nâng cao năng lực ngành y tế bàn giao cho bệnh viện khu vực A Yun Pa không cao.
Sở Y tế Gia Lai đã không thực hiện tốt việc quản lý chi phí đầu tư xây dựng đối với 2 dự án đầu tư, qua kiểm toán đã phát hiện và kiến nghị giảm trừ kinh phí với số tiền là 483,7 triệu đồng.
Sở Y tế Gia Lai chưa kịp thời, đôn đốc Ban Quản lý dự án chuyên ngành y tế (đơn vị được Sở Y tế Gia Lai ủy quyền thực hiện), đốc thúc Công ty Cổ phần Tiến bộ để thực hiện Dự án Đầu tư mua sắm trang thiết bị y tế cho Bệnh viện Lao và Bệnh viện Phổi, dẫn đến phải gia hạn hợp đồng, làm phát sinh số tiền phạt chậm hợp đồng (từ 30/9/2014-21/1/2015) cần thu hồi nộp ngân sách nhà nước là 608,1 triệu đồng.
Từ hạn chế thiếu sót trên, Kiểm toán Nhà nước khu vực XII đề nghị Sở Y tế Gia Lai thu hồi, nộp ngân sách nhà nước 1.091.769.000 đồng.
Trên cơ sở kết luận Kiểm toán, ngày 17/3/2017, ông Võ Ngọc Thành - Chủ tịch UBND tỉnh Gia Lai cũng đã có Quyết định số 223/QĐ-UBND ban hành kế hoạch thực hiện kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước về kiểm toán chuyên đề công tác mua sắm, quản lý, sử dụng thuốc, vật tư y tế, trang thiết bị y tế và hoạt động xây dựng cơ bản giai đoạn 2013-2015 tại Sở Y tế và các bệnh viện tuyến tỉnh của tỉnh Gia Lai, theo đó phải thu hồi nộp ngân sách nhà nước 2 khoản tiền trên trước ngày 30/3/2017.