Cụ thể, vướng mắc gửi về Bộ Tài chính tập trung vào một số điểm nêu trong Thông tư số 156 như sau:
Tại điểm b1, khoản 4 Điều 15 Thông tư số 156 quy định: "Tổ chức khác trực tiếp nhập khẩu, sản xuất, chế biến xăng dầu (trong Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có đăng ký kinh doanh xăng dầu) thực hiện kê khai, nộp thuế tại cơ quan Thuế địa phương nơi kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng khi xuất, bản xăng dầu".
Cũng tại quy định này, điểm b2 có nêu: "Trường hợp xăng dầu nhập khẩu về sử dụng cho mục đích khác không phải để kinh doanh xăng dầu (trong Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh không có đăng ký kinh doanh xăng dầu); dầu nhờn, mỡ nhòn được đóng gói riêng khi nhập khẩu kèm với vật tư, phụ tùng cho máy bay hoặc kèm với máy móc thiết bị thì người nộp thuế kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường với cơ quan Hải quan".
Bên cạnh đó, theo quy định tại Điều 3, Điều 7 Nghị định số 84/2009/NĐ-CP của Chính phủ về kinh doanh xăng dầu và Điều 3, Điều 7 Nghị định số 83/2014/ND-CP của Chính phủ về kinh doanh xăng dầu, hoạt động kinh doanh, pha chế các loại dầu mỡ nhờn, dầu gốc không thuộc phạm vi điều chỉnh của Nghị định 84.
Do vậy, sau khi có ý kiến của Bộ Công Thương, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính hướng dẫn như sau: Giấy chứng nhận đầu tư có thể hiện chức năng kinh doanh, pha chế các loại dầu mỡ nhờn, dầu mỡ gốc hoặc Giấy đăng ký kinh doanh thể hiện ngành nghề kinh doanh là sản xuất, pha chế các loại dầu nhờn, dầu gốc không được coi là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có đăng ký kinh doanh xăng dầu.
Việc khai, nộp thuế BVMT thực hiện theo quy định tại Thông tư số 156 của Bộ Tài chính.