Theo đó, khoản 2 Điều 11 Thông tư 12 quy định: Ngân hàng thương mại và chủ tàu ký kết hợp đồng tín dụng đóng mới, nâng cấp tàu theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 67/2014/NĐ-CP đến hết ngày 31/12/2017 và giải ngân đến hết ngày 31/12/2018. Đối với các khoản giải ngân sau ngày 31/12/2018, lãi suất cho vay do ngân hàng thương mại và khách hàng thỏa thuận phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành và chủ tàu không được hưởng hỗ trợ lãi suất.
Bên cạnh đó, Thông tư 12 cũng sửa đổi, bổ sung các quy định về cho vay vốn lưu động, cơ chế bàn giao khoản vay. Cụ thể, Chủ tàu vay vốn lưu động phải đáp ứng các quy định của pháp luật hiện hành về hoạt động cho vay của TCTD đối với khách hàng trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn. Việc bàn giao lại tàu và khoản nợ vay đóng mới, nâng cấp tàu của chủ tàu không còn khả năng tiếp tục thực hiện dự án đóng mới, nâng cấp tàu hoặc đã hoàn thành đóng mới nhưng không đủ năng lực để hoạt động (sau đây gọi là chủ tàu cũ) cho chủ tàu được Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phê duyệt thay thế (sau đây gọi là chủ tàu mới) theo cơ chế chuyển đổi chủ tàu quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 17/2018/NĐ-CP được thực hiện như sau:
Chủ tàu mới nhận bàn giao toàn bộ khoản nợ vay từ chủ tàu cũ, bao gồm cả nợ gốc quá hạn và lãi phát sinh mà chủ tàu cũ chưa trả cho ngân hàng cho vay trước thời điểm bàn giao (nếu có). Việc hỗ trợ lãi suất đối với chủ tàu mới được thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính; Căn cứ thỏa thuận giữa chủ tàu cũ và chủ tàu mới về việc bàn giao lại tàu và khoản nợ vay, ngân hàng thương mại, chủ tàu cũ và chủ tàu mới ký thỏa thuận bàn giao nợ, trong đó nêu rõ dư nợ vay, số tiền lãi phát sinh (nếu có), thời gian vay vốn, tài sản bảo đảm của khoản nợ vay, quyền hạn, nghĩa vụ của các bên và các nội dung khác phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành;
Thời gian vay vốn hỗ trợ lãi suất do ngân hàng và chủ tàu mới thỏa thuận nhưng không vượt quá thời gian vay vốn hỗ trợ lãi suất còn lại theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 4 Nghị định số 67/2014/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 4 Điều 1 Nghị định số 89/2015/NĐ-CP) sau khi trừ đi thời gian vay vốn hỗ trợ lãi suất của chủ tàu cũ tại thời điểm bàn giao khoản nợ vay. Thời điểm ký kết thỏa thuận cho vay giữa ngân hàng thương mại và chủ tàu mới không phụ thuộc vào quy định về thời gian ký kết hợp đồng tín dụng đóng mới, nâng cấp tàu. Thông tư 12 nêu rõ: Chủ tàu mới nhận bàn giao khoản nợ vay và tài sản hình thành từ vốn vay từ chủ tàu cũ theo cơ chế chuyển đổi chủ tàu quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 17/2018/NĐ-CP có trách nhiệm thực hiện đầy đủ quyền và trách nhiệm của chủ tàu theo quy định tại Thông tư này và các văn bản khác có liên quan.
Thông tư 12 cũng bổ sung quy định về trách nhiệm của các ngân hàng thương mại; đồng thời bãi bỏ khoản 2 Điều 6 Thông tư số 22/2014/TT-NHNN và khoản 1, khoản 4, khoản 6 Điều 1 Thông tư số 21/2015/TT-NHNN sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 22/2014/TT-NHNN.