Trong khoảng thời gian đầu, tất cả các cơ quan hành chính ở trung ương và địa phương chỉ duy trì số lượng ít cán bộ công chức, các hoạt động chủ yếu được thực hiện qua cổng thông tin điện tử. Kể từ ngày 7/4/2020, Ấn Độ triển khai “Nền tảng trực tuyến để khai và cấp điện tử chứng nhận xuất xứ ưu đãi đối với các lô hàng xuất khẩu của Ấn Độ theo các hiệp định thương mại tự do”. Nền tảng điện tử được thiết kế như là một điểm truy cập cho tất cả các giấy chứng nhận xuất xứ sử dụng các cho tất cả các hàng hóa xuất khẩu theo hiệp định ưu đãi FTA và PTA tại https://coo.dgft.gov.in.
Việc triển khai gặp nhất nhiều khó khăn do những trường hợp bất khả kháng như đại dịch Covid 19 chưa được quy định trong các hiệp định thương mại.
Ngay sau khi nhận được đề nghị của Chính phủ Ấn Độ ngày 17/4/2020, Đại sứ quán Việt Nam tại Ấn Độ đã kịp thời có báo cáo gửi Văn phòng Chính phủ và các Bộ ngành liên quan như Bộ Công Thương, Bộ Tài chính, Bộ Ngoại giao… đề nghị các bộ ngành với chức năng và nhiệm vụ được giao sớm xem xét và chấp nhận theo đề xuất của Ấn Độ do trường hợp bất khả kháng của đại dịch Covid 19.
Đến ngày 27/5, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 47/2020/TT-BTC quy định về thời hạn nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ, hình thức nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ đối với hàng hóa nhập khẩu trong giai đoạn dịch viêm đường hô hấp cấp gây ra bởi virus Corona (Covid-19), theo đó, chấp nhận C/O sử dụng chữ ký và con dấu điện tử.
Thông tư quy định: Trong trường hợp hàng hóa nhập khẩu áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) sử dụng chữ ký và con dấu điện tử. Cơ quan Hải quan chấp nhận C/O sử dụng chữ ký và con dấu điện tử với điều kiện cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu có thông báo về việc cấp C/O sử dụng chữ ký, con dấu điện tử và cung cấp trang thông tin điện tử để tra cứu C/O hoặc phương thức tra cứu khác về C/O. Cơ quan Hải quan kiểm tra tính hợp lệ của C/O trên trang thông tin điện tử hoặc phương thức tra cứu khác của cơ quan cấp để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định và in một bản C/O để lưu hồ sơ hải quan.
Về bản chụp/bản scan C/O, cơ quan Hải quan chấp nhận bản chụp/bản scan C/O với điều kiện cơ quan có thẩm quyền nước xuất khẩu thông báo về việc sử dụng bản chụp/bản scan của bản chính C/O và cung cấp bản chụp/bản scan C/O hoặc trang thông tin điện tử hoặc phương thức kiểm tra khác cho cơ quan hải quan để xác định tính hợp lệ của C/O. Cơ quan hải quan kiểm tra tính hợp lệ của C/O bản chụp/bản scan trên trang thông tin điện tử hoặc phương thức kiểm tra khác do cơ quan cấp cung cấp để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định và in một bản C/O để lưu hồ sơ hải quan.
Thương vụ Việt Nam tại Ấn Độ cũng đề nghị các doanh nghiệp Việt Nam đang gặp vướng mắc về vấn đề này hoặc đang có hàng hóa mắc kẹt tại cảng nhanh chóng liên hệ với Hải quan cửa khẩu để được hướng dẫn và giải quyết.