Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, trong giai đoạn 2015-2019, công tác đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ tại đây có nhiều hạn chế, khuyết điểm về tuyển sinh, quy trình, chương trình và quản lý đào tạo. Việc quản lý tài chính có nhiều vi phạm, trong đó, Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam chi phụ cấp cho một số chức danh, phụ cấp cán bộ công tác địa phương không đúng quy định, với số tiền hơn 700 triệu đồng; kê khai thiếu tiền thuế gần 2 tỷ đồng.
Kết luận cho biết, công tác đào tạo trình độ thạc sỹ, tiến sỹ được cơ quan này quan tâm, chú trọng, hàng năm đào tạo trên 200 tiến sỹ, trên 1.000 thạc sỹ các ngành, chuyên ngành; góp phần cung cấp ứng nguồn nhân lực có chất lượng cho xã hội. Công tác tuyển sinh, đào tạo, quản lý đào tạo từ năm 2017 đến nay cơ bản thực hiện theo quy định của Nhà nước.
Tuy nhiên, kết luận của thanh tra cũng chỉ rõ, giai đoạn 2015-2017, công tác đào tạo trình độ thạc sỹ, tiến sỹ của Học viện Khoa học xã hội còn nhiều hạn chế, khuyết điểm về tuyển sinh, quy trình, chương trình và quản lý đào tạo.
Điển hình như, quy trình đào tạo thạc sỹ thiếu quy định chi tiết về đối tượng, điều kiện dự thi, điều kiện bảo vệ luận văn, thâm niên công tác, thiếu quy định về trình độ ngoại ngữ trước khi bảo vệ luận văn; không ban hành chương trình đạo tạo trình độ tiến sĩ.
Quy chế tuyển sinh và đào tạo trình độ tiến sỹ thiếu quy định về kinh nghiệm quản lý và thâm niên công tác theo yêu cầu của từng ngành đào tạo, không quy định cụ thể về thời gian làm việc chuyên môn. Thông báo tuyển sinh trình độ thạc sỹ không quy định về số năm kinh nghiệm tối thiểu, không có chỉ tiêu tuyển sinh từng chuyên ngành đào tạo thạc sỹ.
Quy chế tuyển sinh và đào tạo trình độ tiến sĩ thiếu quy định về kinh nghiệm quản lý và thâm niên công tác theo yêu cầu của từng ngành đào tạo, không quy định cụ thể về thời gian làm việc chuyên môn.
Đáng chú ý, theo kết luận, chương trình đào tạo thạc sĩ của Học viện Khoa học xã hội thiếu nội dung về chuẩn đầu ra của từng chuyên ngành, còn trường hợp giảng viên hướng dẫn vượt số học viên cùng thời gian, học viên đăng ký ngành này nhưng được cấp bằng của ngành khác.
Cơ quan thanh tra cũng phát hiện một số hồ sơ học viên chương trình đào tạo còn thiếu sót, có trường hợp giảng viên không đủ điều kiện tham gia hội đồng chấm luận văn thạc sĩ.
"Có nghiên cứu sinh đề xuất đề tài nghiên cứu không nằm trong danh mục nghiên cứu. Sổ cấp phát văn bằng còn tẩy xóa, sửa chữa, thiếu thông tin về nghiên cứu sinh" - kết luận nêu.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của tập thể lãnh đạo Viện qua các thời kỳ; kiến nghị thu hồi số tiền gần 6 tỷ đồng đã chi không có trong quy định của 10 đơn vị thuộc Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam...