Tại phiên thảo luận, đa số ý kiến trong Ủy ban Thường vụ Quốc hội đánh giá cao Báo cáo tiếp thu, giải trình, chỉnh lý dự thảo Nghị quyết thay thế Nghị quyết số 387/2003/NQ-UBTVQH11 của Ủy ban Tài chính - Ngân sách, song vẫn còn nhiều Ủy viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội nêu băn khoăn.
Ngay trong tên gọi của Nghị quyết, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật Nguyễn Khắc Định chỉ ra rằng, tên nghị quyết là "Nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về Quy chế lập, thẩm tra, trình Quốc hội quyết định dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách trung ương và phê chuẩn quyết toán ngân sách nhà nước" nhưng lại không thấy có quy chế đi kèm.
Trong khi đó, cho ý kiến vào quy định về hình thức tổ chức thẩm tra của Hội đồng Dân tộc và các ủy ban khác của Quốc hội, như: họp Thường trực Hội đồng Dân tộc, Thường trực các Ủy ban, hoặc họp toàn thể Hội đồng Dân tộc, các Ủy ban, nhiều ý kiến cho rằng, để đảm bảo tính khả thi và tạo điều kiện linh hoạt cho các cơ quan của Quốc hội trong thực hiện, chỉ nên quy định cụ thể hình thức tổ chức thẩm tra đối với Hội đồng Dân tộc và các ủy ban có liên quan chặt chẽ đến tài chính - ngân sách nhà nước còn với các ủy ban khác chỉ cần tham gia bằng văn bản đối với các báo cáo của Chính phủ.
Về cơ chế phối hợp của Ủy ban Tài chính - Ngân sách với Hội đồng Dân tộc và các ủy ban khác khi tiến hành thẩm định vấn đề tài chính, Chủ nhiệm Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng - Phan Thanh Bình - đề nghị cần có những quy định cụ thể hơn nữa về trình tự, cơ chế phối hợp và triển khai trình tự lập và thẩm tra ngân sách cho các đối tượng thuộc lĩnh vực giám sát của Hội đồng Dân tộc và các Ủy ban.
“Khi đi giám sát ở cơ sở, có nơi cán bộ toà, viện kiểm sát đi xe máy chở người đằng sau ôm vành móng ngựa đi xét xử lưu động, anh em đôi khi thấy tủi thân vì sự cân đối ngân sách cho các cơ quan tư pháp còn hạn chế” - Chủ nhiệm Uỷ ban Tư pháp - Lê Thị Nga - nêu thực tế và đề nghị, nghị quyết lần này cần ghi rõ hình thức, trình tự phối hợp của Uỷ ban Tài chính với cơ quan của Quốc hội trong thẩm tra các vấn đề ngân sách.
Kết luận phiên thảo luận, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã biểu quyết thông qua dự thảo Nghị quyết và giao Ủy ban Tài chính - Ngân sách chủ trì, phối hợp cùng Ủy ban Pháp luật, Bộ Tài chính, Bộ Tư pháp và các cơ quan liên quan tiếp thu các ý kiến tại phiên thảo luận, hoàn chỉnh Nghị quyết cả về nội dung và kỹ thuật văn bản, xin ý kiến Ủy ban Thường vụ Quốc hội một lần nữa trước khi trình Chủ tịch Quốc hội ký chứng thực.