Theo đó, hiệp định mới này của EU với Nhật Bản mang lại những lo ngại rằng Nhật Bản sẽ ngừng sử dụng Anh làm cơ sở sản xuất, đặc biệt với mức thuế 0% đối với xe nhập khẩu theo cam kết của hiệp định này giữa EU và Nhật Bản.
Meredith Crowley, chuyên gia kinh tế thương mại tại Đại học Cambridge cho biết, rủi ro là hiệp định thương mại tự do giữa EU và Nhật Bản cộng với sự không chắc chắn về mối quan hệ giữa Anh và EU sẽ có nghĩa hàng xuất khẩu của Nhật Bản sang Châu Âu trở nên đa dạng hóa hơn nhiều trong khi Anh bị loại ra khỏi thị trường chung đó. Các nhóm doanh nghiệp ước tính rằng lợi ích tiềm năng của thỏa thuận EU - Nhật Bản đối với Vương quốc Anh sẽ là 3 tỷ bảng mỗi năm nếu Anh ở lại EU. Seamus Nevin, nhà kinh tế trưởng tại Anh cho biết, đó có thể là một cơ hội bị mất rất lớn, đó là lý do tại sao các nhà sản xuất rất muốn tránh Brexit bế tắc.
Các chuyên gia khác tin rằng, thỏa thuận của EU với Nhật Bản sẽ khiến Vương quốc Anh khó thu hút đầu tư nước ngoài. David Bailey, giáo sư về chiến lược công nghiệp tại Trường kinh doanh Aston cho biết, việc giảm dần thuế xe hơi từ 10% xuống 0 trong vòng 7 năm sẽ làm cho việc sản xuất tại Nhật Bản và sau đó xuất khẩu sang EU trở nên dễ dàng hơn. Nếu kịch bản Brexit không thỏa thuận xảy ra, nó có thể cản trở một trong những khu vực tăng trưởng nhanh nhất của ngành công nghiệp Anh. Xuất khẩu ô tô của Anh sang Nhật Bản tăng 26% trong năm 2018, theo Hiệp hội các nhà sản xuất và thương mại xe máy.
Bộ Thương mại Quốc tế Anh cho biết ưu tiên của họ là đảm bảo không có sự gián đoạn đối với thương mại Anh - Nhật sau Brexit, nhưng sau đó sẽ tìm cách đi xa hơn thỏa thuận mà Brussels đã ký kết. Anh cũng đã báo hiệu rằng họ muốn tham gia Hiệp định đối tác toàn diện và tiến bộ xuyên Thái Bình Dương (CPTPP) bao gồm 11 quốc gia trong đó có cả Nhật Bản, Hàn Quốc, Chile, Australia và New Zealand. Nigel Driffield, giáo sư về kinh doanh quốc tế tại Trường kinh doanh Warwick, cho rằng trong 12 đến 18 tháng tới, cả ba nhà sản xuất ô tô Nhật Bản tại Anh là Nissan, Honda và Toyota - sẽ quyết định nơi mà họ sẽ sản xuất những mẫu xe mới vào năm 2023-2024, và nước Anh có thể tự đàm phán các thỏa thuận thương mại song phương tốt hơn để hạn chế các lo ngại hậu Brexit.