Cụ thể, về nộp thuế điện tử, tính đến ngày 23/6, toàn thành phố đã có 160.290 DN đăng ký thành công tại cổng thông tin của Tổng cục Thuế, đạt tỷ lệ gần 95%; 150.106 DN đã hoàn thành đăng ký tại ngân hàng thương mại, đạt 88,8%; 112.620 DN đã thực hiện nộp thuế bằng qua hình thức nộp thuế điện tử, đạt trên 66%.
Theo đánh giá của Cục Thuế thành phố, kết quả nói trên dù chưa đạt hết 90% cả 3 chỉ tiêu nhưng số lượng vận động đã đứng đầu cả nước, với số lượng (số tuyệt đối) lớn hơn 100 lần số lượng của 12 tỉnh, hơn gấp 50 lần số lượng của 17 tỉnh, hơn gấp 20 lần đối với 1 số tỉnh còn lại. Điều này cho thấy nỗ lực lớn của Cục Thuế thành phố.
Sở dĩ các chỉ tiêu chưa đạt đến 90% là do một số DN vừa và nhỏ không có số dư tại tài khoản thanh toán, phải thực hiện nộp tiền mặt, sau đó mới lập được giấy nộp tiền trên cổng thông tin Tổng cục thuế. Bên cạnh đó, nhiều DN chưa đồng ý với chính sách phí của từng ngân hàng và hệ thống thanh toán liên ngân hàng Citad chưa nâng cấp, dẫn đến chi phí giao dịch tăng, dễ sai sót.
Ngoài ra, theo quy định, trường hợp giấy nộp tiền có lỗi, ngân hàng sẽ liên hệ người nộp thuế tra soát lại giấy nộp tiền. Tuy nhiên hiện tại rất nhiều trường hợp, trên hệ thống giấy nộp tiền đã thành công, nhưng ngân hàng hoàn trả tiền về tài khoản vì nhiều lý do…
Để công tác thu thuế điện tử được triển khai nhanh, Cục Thuế kiến nghị, Ngân hàng Nhà nước nhanh chóng nâng cấp hệ thống Citad. Đồng thời xây dựng cơ chế kiểm soát, đối chiếu đối với các chứng từ nộp thuế từ hệ thống nộp thuế điện tử và trong hệ thống quản lý thuế tập trung (TMS) để biết chính xác thời điểm số thuế thực hạch toán trong TMS.
Đối với việc triển khai hóa đơn điện tử có mã xác thực của cơ quan thuế, tính đến ngày 20/6/2016, thành phố có 113/113 DN đã đăng ký phát hành và có 106/113 DN xuất hóa đơn (đạt 106% kế hoạch Tổng cục giao).
Dù đạt kết quả khả quan nhưng theo đánh giá của Cục Thuế, đây là hình thức mới, mới chỉ triển khai thí điểm, và ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động kinh doanh của DN, nên người nộp thuế còn e ngại khi đăng ký, sử dụng. Thêm vào đó, người nộp thuế còn chưa quen với thực hiện hóa đơn dưới hình thức điện tử; việc học, sử dụng, lưu trữ cũng mất thời gian. Đặc biệt, hệ thống vẫn còn một số thời điểm phát sinh lỗi hệ thống không lấy được mã xác thực, do đó ảnh hưởng đến người nộp thuế, nhất là các đơn vị bán lẻ.
Cục Thuế đề xuất, Tổng cục Thuế nên tổ chức tuyên truyền cho các sở ban ngành, các DN trên cả nước biết thông tin về triển khai hóa đơn điện tử có mã xác thực của cơ quan thuế. Đồng thời xây dựng hệ thống hoạt động liên tục, các hoạt động bảo trì phải thực hiện vào các giờ thấp điểm (như sau 0h - 5h sáng); đảm bảo hỗ trợ về ứng dụng 24/24h dưới hình thức xã hội hóa, hoặc các quy định khác; xử lý các vướng mắc về hóa đơn theo đúng quy định hiện hành.