Với dân số 662 triệu người, các quốc gia thành viên có sự tăng trưởng phụ thuộc vào thương mại và tài chính quốc tế, cuộc chiến thương mại đã là cơ hội vàng cho AEC, để thực hiện tham vọng trở thành một cơ sở sản xuất khu vực. Cuộc chiến thương mại cũng đã mang lại một chất xúc tác để thúc đẩy hội nhập lớn hơn.
Trong bức tranh tổng thể, không có ai chiến thắng từ các cuộc chiến thương mại. Tuy nhiên, các chuyên gia cho rằng Đông Nam Á nên được hưởng lợi từ việc nắm bắt dịch chuyển sản xuất giá trị gia tăng ra khỏi Trung Quốc trong thời gian tạm thời. Trong khi các quốc gia thành viên ASEAN thuộc AEC sẽ tiếp tục cạnh tranh để thu hút sản xuất, các nguồn lực của chủ nghĩa khu vực kinh tế nên có tác dụng làm cho mỗi thành viên trở nên hấp dẫn hơn và thúc đẩy sự phát triển của chuỗi giá trị khu vực. Tuy nhiên, các cuộc thảo luận thay vào đó không tập trung vào hỗ trợ ASEAN mà là cạnh tranh ASEAN.
Vấn đề rõ ràng nhất là việc triển khai AEC đang diễn ra rất chậm. ASEAN có xu hướng đưa ra các chiến lược lớn nhưng chi tiết hóa và xây dựng các cơ chế sau này. Kế hoạch Tổng thể AEC quy định dần dần việc thực hiện AEC vào năm 2025, nhưng đến nay đã 4 năm sau khi AEC được hình thành, các vấn đề cơ bản vẫn đang được thảo luận. Ví dụ như tại Hội nghị Bộ trưởng Kinh tế ASEAN thu hẹp lần thứ 25 được tổ chức ở Phuket, Thái Lan vào tháng 4/2019, các cuộc thảo luận vẫn tiếp tục về vấn đề Cơ chế hải quan một cửa ASEAN (ASW), nhằm giảm thời gian hàng hóa phải chờ ở biên giới từ 10 ngày còn 3 ngày. AEC được cho là để thúc đẩy các chuỗi giá trị khu vực, ASW phải là nền tảng của sự hội nhập chặt chẽ hơn. Do đó, có một câu hỏi đặt ra là tại sao một khía cạnh quan trọng như vậy của AEC vẫn chưa được thống nhất.
Hơn nữa, Kế hoạch Tổng thể AEC 2025 yêu cầu loại bỏ các rào cản phi thuế quan (NTBs), chẳng hạn như hạn ngạch và yêu cầu hàm lượng giá trị khu vực. Tuy nhiên, trong số 6.000 NTB được xác định trong ASEAN, không một rào cản nào được gỡ bỏ thông qua quy trình AEC. Ngược lại, số lượng NTB đã tiếp tục tăng. Với hầu hết các vấn đề trước mắt, AEC gặp phải các vấn đề cơ cấu đặt ra câu hỏi về việc liệu hội nhập kinh tế khu vực có thể được hiện thực hóa hay không. Về cơ bản, việc xây dựng thể chế của AEC được củng cố bởi cách thức ASEAN có thể bao gồm các quy tắc như không can thiệp vào các vấn đề nội bộ của nhau.
Mặc dù cách thức ASEAN có thể tạo điều kiện thuận lợi cho hòa bình và ngoại giao trong khu vực, mà ASEAN ban đầu được thiết lập để thúc đẩy điều đó. AEC không phải một thị trường chung đòi hỏi sự hội nhập tích cực, đề cập đến các thể chế chính thức thực thi các quy tắc của thị trường và hội nhập, bao gồm việc tự do hóa xuyên biên giới dựa trên nghĩa vụ không phân biệt đối xử và tiếp cận thị trường lẫn nhau. Trong một thị trường duy nhất đầy đủ, các nguyên tắc cơ bản của thị trường như chính sách cạnh tranh là chủ đề của hội nhập tích cực. Tuy nhiên, AEC khuyến khích cho các quy định quốc gia, chính sách quốc gia và thực tiễn tốt nhất của quốc gia. Điều này có nghĩa là các thành viên ASEAN có thể không tuân theo các cam kết AEC nếu có bất tiện về mặt chính trị ở cấp độ trong nước.
Điểm yếu về thể chế này thể hiện rõ qua tiếp cận thị trường lẫn nhau. Chẳng hạn, sự di chuyển của lao động chỉ giới hạn ở lao động lành nghề và chỉ với 7 ngành nghề đã có cam kết, trong khi AEC không bảo đảm quyền tự do đi lại mà chỉ tạo điều kiện tiếp cận thị trường lao động ASEAN. Hơn nữa, các cơ chế giải quyết tranh chấp (DSM) là cơ bản cho các tổ chức quốc tế để giải quyết các vấn đề hợp tác và nâng cao độ tin cậy của các cam kết. Để đạt được điều này, DSM phải mang tính độc lập.
Tuy nhiên, cơ chế giải quyết tranh chấp của ASEAN quy định rằng các tranh chấp chưa được giải quyết thì sẽ được thông qua bởi các cơ quan chính trị ASEAN như Hội nghị cấp cao ASEAN. Các vấn đề thực thi của AEC và các điểm yếu về cấu trúc, cũng như đặc trưng thị trường chung, đã khiến các công ty và nhà đầu tư đa quốc gia khó có thể cân nhắc AEC khi chuyển cơ sở sản xuất ra nước ngoài. Do đó, các nhà phân tích cho rằng AEC đã bỏ lỡ một cơ hội vàng trong cuộc chiến thương mại.