Thông tư hướng dẫn khoản 4 Điều 80 Luật Quản lý thuế về hồ sơ giảm thuế. Theo đó, hồ sơ giảm thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng giảm thuế quy định tại Điều 18 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu bao gồm:
a) Công văn đề nghị giảm thuế nêu rõ loại thuế đề nghị giảm, lý do giảm thuế, số tiền thuế đề nghị giảm theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 80 Luật Quản lý thuế gửi qua Hệ thống theo Mẫu số 7 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp hồ sơ giấy thực hiện theo Mẫu số 15/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này: 01 bản chính.
b) Hợp đồng bảo hiểm, thông báo trả tiền bồi thường của tổ chức nhận bảo hiểm (nếu có), trường hợp hợp đồng bảo hiểm không bao gồm nội dung bồi thường về thuế phải có xác nhận của tổ chức bảo hiểm; hợp đồng hoặc biên bản thỏa thuận đền bù của hãng vận tải đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra (nếu có): 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của cơ quan đề nghị giảm thuế.
c) Văn bản, biên bản xác nhận nguyên nhân thiệt hại của cơ quan chức năng tại địa bàn nơi phát sinh thiệt hại như sau:
c.1) Văn bản xác nhận của một trong các cơ quan, tổ chức sau: Cơ quan Công an xã, phường, thị trấn; Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn; Ban quản lý Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu kinh tế, Ban quản lý cửa khẩu, Cảng vụ hàng không, Cảng vụ hàng hải nơi xảy ra sự kiện bất khả kháng về việc thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, tai nạn bất ngờ gây thiệt hại cho nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu: 01 bản chính.
c.2) Biên bản xác nhận vụ cháy của cơ quan cảnh sát phòng cháy chữa cháy của địa phương nơi xảy ra vụ cháy: 01 bản chính.
d) Giấy chứng nhận giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định về số lượng hàng hóa bị mất mát hoặc tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hóa: 01 bản chính.
Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ giảm thuế quy định nêu trên và các quy định có liên quan để ban hành Quyết định giảm thuế.
Bên cạnh đó, Thông tư 06 cũng hướng dẫn quy định về hồ sơ gia hạn nộp thuế; quy định về trình tự, thủ tục hoàn thuế; quy định về hồ sơ xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt…
Thông tư 06 có hiệu lực thi hành từ 8/3/2021.