Đề xuất mới về thuế giá trị gia tăng gỡ khó cho lĩnh vực nông sản

Công văn số 16750/BTC-CST ngày 27/10/2025 của Bộ Tài chính về việc hồ sơ dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng cho biết, ngày 26/11/2024, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15 có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2025. Tuy nhiên, quá trình thực hiện, Bộ Tài chính nhận được kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, các hiệp hội và doanh nghiệp phản ánh vướng mắc về chính sách thuế GTGT đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi, điều kiện hoàn thuế.

Áp lực phải trả thuế đầu vào

Theo quy định số 48/2024/QH15 của Luật Thuế GTGT, doanh nghiệp phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại. Số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê,…) dẫn đến lãng phí thời gian, tiền bạc và đọng vốn của doanh nghiệp trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.

Bên cạnh đó nông sản, thủy sản nhập khẩu không phải chịu thuế GTGT khi nhập khẩu vào Việt Nam, vì vậy, là sự phân biệt đối xử không đáng có giữa nông sản, thủy sản sản xuất trong nước và nông sản, thủy sản nhập khẩu. Minh họa điển hình về điển hình về hệ quả của dự phân biệt đối xử này là người nhập khẩu sẽ không phải vay ngân hàng để nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu trong khi doanh nghiệp xuất khẩu sẽ phải vay ngân hàng để nộp khoản thuế này cho Nhà nước khi mua nông sản, thủy sản sản xuất trong nước để xuất khẩu.

Đối với doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí do thuế GTGT 5% đầu vào không được khấu trừ, phải đưa vào chi phí sẽ phải tăng giá bán, theo đó sẽ ảnh hưởng đến người chăn nuôi. Quy định này chưa công bằng và giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế GTGT.

Các doanh nghiệp khi xuất khẩu được hoàn thuế GTGT đầu vào, nhưng bị chậm do phải chờ các người bán hàng cho mình đã kê khai, nộp thuế theo quy định tại điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT, gây khó khăn và rủi ro thực tiễn cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế vì doanh nghiệp mua không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của nhà cung cấp tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Nếu bên bán chưa nộp hồ sơ khai thuế hoặc còn nợ thuế GTGT, hóa đơn của doanh nghiệp mua sẽ không được chấp nhận hoàn thuế, dù doanh nghiệp mua hàng đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, lưu giữ chứng từ hợp lệ và thanh toán qua ngân hàng theo quy định. Việc bị từ chối hoàn thuế vì lý do này sẽ ảnh hưởng đến dòng tiền, tiến độ sản xuất kinh doanh và gây thiệt hại cho doanh nghiệp dù không có lỗi chủ quan của doanh nghiệp là người mua hàng. 

Cụ thể theo số liệu phân tích của Bộ Tài chính, tại Tổng công ty Lương thực miền Bắc, hằng năm mua vào 2 triệu tấn lương thực, nông sản, ước tính 20.000 tỷ đồng, tổng số thuế GTGT đầu vào ước tính 1.100 tỷ đồng; số thuế GTGT thu rồi lại hoàn khoảng 650 tỷ đồng. Hay như: Sản lượng sản xuất hàng năm của ngành hồ tiêu đạt khoảng 200.000 tấn. Tổng số thuế GTGT 5% cho toàn bộ ngành là 65 triệu USD, (tương đương 1.680 tỷ đồng), trong đó 63,375 triệu USD (tương đương 1.677 tỷ đồng) sẽ hoàn lại cho các doanh nghiệp xuất khẩu. 

Đối với ngành cà phê, cacao, dự kiến cả năm 2025 các doanh nghiệp của ngành xuất khẩu 1,5 triệu tấn cà phê với kim ngạch khoảng 7,5 tỷ USD. Như vậy nếu tính 5% thuế GTGT thì các doanh nghiệp phải nộp chờ hoàn khoảng 375 triệu USD, tương đương khoảng 10.000 tỷ đồng. 

Sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT là cần thiết

Để giải quyết ngay vấn đề cấp bách, vướng mắc, bất cập, đặc biệt là lĩnh vực nông nghiệp bị ảnh hưởng bởi cơn bão số 10, 11 vừa qua, thực hiện quy định của Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật, Bộ Tài chính đã xây dựng hồ sơ dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT để kịp trình Chính phủ, trình Quốc hội xem xét thông qua tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa XV. Theo đó, Luật sửa đổi, bổ sung quy định về chính sách thuế GTGT đối với sản phẩm nông sản, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế tại khoản 1 Điều 5, khoản 5 Điều 9 và khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT.

Cụ thể về các nội dung sửa đổi, hoàn thiện; nội dung bổ sung; nội dung lược bỏ: Tại khoản 1 Điều 1 dự thảo Luật: Bổ sung nội dung “Doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào”.

Tại khoản 2 Điều 1 dự thảo Luật: Bỏ nội dung “Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất giá trị gia tăng theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản” quy định tại khoản 5 Điều 9 Luật Thuế GTGT.

Tại khoản 3 Điều 1 dự thảo Luật: Bỏ nội dung về điều kiện hoàn thuế “Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế” quy định tại điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT.

Hoàn thiện quy định về chính sách thuế GTGT đối với nông sản, thức ăn chăn nuôi, điều kiện hoàn thuế GTGT để tháo gỡ điểm nghẽn, giải quyết ngay vấn đề cấp bách, vướng mắc, bất cập phát sinh từ thực tiễn, từ đó khuyến khích, tạo động lực phát triển cho doanh nghiệp, thúc đẩy phát triển kinh tế.