UNCTAD ước tính rằng thỏa thuận có thể thúc đẩy thương mại nội khối châu Phi khoảng 33% và cắt giảm thâm hụt thương mại của châu Phi xuống 51%. Khu vực mậu dịch tự do lục địa Châu Phi có ý nghĩa quan trọng đối với vận tải biển và thương mại dịch vụ. Báo cáo của UNCTAD cho biết AfCFTA dự kiến sẽ làm tăng nhu cầu đối với các phương thức vận tải khác nhau, bao gồm cả vận tải hàng hải, điều này sẽ làm tăng yêu cầu đầu tư cho cơ sở hạ tầng và thiết bị - cảng và tàu trong trường hợp vận tải hàng hải. Nhấn mạnh nhu cầu quan trọng về tài trợ và phát triển cơ sở hạ tầng giao thông và dịch vụ đầy đủ ở châu Phi để hỗ trợ kết nối hàng hải nhằm thực hiện đầy đủ các lợi ích của AfCFTA.
Một nghiên cứu của Ủy ban Kinh tế Liên hợp quốc về châu Phi với thời gian đến năm 2030 chỉ ra rằng lượng hàng hóa vận chuyển bằng tàu sẽ tăng từ 58 triệu lên 132 triệu tấn với việc thực hiện AfCFTA. Nghiên cứu cho biết Comoros, Gabon, Gambia, Ghana, Madagascar, Mauritius, Mozambique, Namibia và Somalia sẽ trải qua sự gia tăng lưu lượng qua các cảng vào năm 2030 do kết quả của AfCFTA. Nếu các dự án cơ sở hạ tầng cần thiết được triển khai, đội tàu biển của Châu Phi dự kiến sẽ tăng 188% đối với hàng rời và 180% đối với hàng container. Báo cáo cũng nêu rõ những thách thức tiếp tục đè nặng lên lĩnh vực hàng hải, bao gồm thời gian cập cảng dài đối với tàu thuyền, các vấn đề liên quan đến kết nối vận tải biển đáng kể và lượng hàng hải sụt giảm do gián đoạn do đại dịch COVID-19 gây ra.
Châu Phi dự kiến sẽ chứng kiến sự phục hồi về sản lượng và nhập khẩu hàng hóa, nhưng sẽ tương đối khiêm tốn so với các khu vực khác trên thế giới. Thương mại hàng hải của châu Phi giảm vào năm 2020 và hiệu quả hoạt động của cảng container bị tụt hậu. UNCTAD ước tính thương mại hàng hải quốc tế của châu Phi, bao gồm cả hàng hóa được bốc và dỡ hàng, đã giảm 7,6% vào năm 2020. Trong khi năm 2021 chứng kiến sự phục hồi của thương mại hàng hóa thế giới, sự phục hồi không đồng đều, với xuất khẩu từ châu Phi và Trung Đông vẫn chịu áp lực. Đóng góp của châu Phi vào thương mại container toàn cầu vẫn tương đối thấp vào năm 2020, với các cảng container trên lục địa này chiếm 3,9% thị phần lưu lượng cảng container toàn cầu, so với châu Á với gần 2/3 và châu Âu là 14,9%.
Báo cáo lưu ý rằng thời gian dài nhất tại cảng đối với tàu container nói chung là ở châu Phi, đặc biệt là ở Nigeria, Sudan và Tanzania. Ma-rốc là một ngoại lệ, với một trong những quốc gia có thời gian tàu thuyền cập cảng ngắn nhất thế giới. Tanger Med, Ma-rốc, cũng là cảng được kết nối tốt nhất của Châu Phi vào năm 2020. Báo cáo phân tích cụ thể hiệu suất và lợi nhuận của cảng dựa trên các thành viên của mạng lưới cảng thuộc chương trình Quản lý cảng TrainForTrade của UNCTAD, với các kết quả chứng minh những thách thức đối với Châu Phi. Ví dụ, vào năm 2020, lợi nhuận trung bình của các cảng trong mạng lưới giảm 12% ở châu Âu, 17% ở châu Á và 25% ở châu Phi. Châu Mỹ Latinh không có gì thay đổi.
Trung Quốc đang tìm cách đa dạng hóa các nguồn cung - và ngày càng hướng tới châu Phi. Thương mại tính theo tấn-dặm do các tàu chở hàng tạo ra trên tuyến Châu Phi-Trung Quốc tăng lên vào năm 2020, bao gồm cả các chuyến hàng quặng sắt từ Nam Phi tăng lên. Guinea cũng có thể là nhà cung cấp nắm giữ trữ lượng lớn quặng sắt chất lượng cao chưa được khai thác. Dự kiến sẽ bắt đầu vận chuyển quặng sắt từ năm 2026, điều này sẽ thúc đẩy nhu cầu vận chuyển hàng rời khô. Nước này đã là nhà cung cấp bô-xít hàng đầu thế giới, phần lớn trong số đó được chuyển đến Trung Quốc. Các cổng thông tin thương mại (TIP) của UNCTAD đang cung cấp một trang web ở mỗi quốc gia, giúp các thương nhân dễ dàng truy cập thông tin về các quy định và thủ tục thương mại, đặc biệt liên quan đến Hiệp định Tạo thuận lợi Thương mại của Tổ chức Thương mại Thế giới. TIPs tiên tiến nhất ở Đông Phi, ví dụ như ở Kenya, tính minh bạch hơn và đơn giản hóa 52 thủ tục thương mại cho đến nay đã giảm 110 giờ chờ đợi và giảm 482 USD phí hành chính.